Молчанова Наталья_Lab

Начало этого обсуждения
Часть 2
Часть 3
Часть 4


Предлагаемое изменение интерфейса никак не отменяет необходимости получить на них научно обоснованные ответы.

Итак, что меняется?

Учитывая, что у метода есть давние и преданные сторонники, предлагаю не рубить сплеча.

Любишь кататься? Люби - и катайся! 😅

Но что, если немного изменить сам принцип представления результатов?

Мы не отменяем измерения. Не меняем лабораторную часть. Не обесцениваем накопленный клинический опыт.

Мы просто разделяем три самостоятельные задачи.

1. Что непосредственно измерено.

Это и отражаем в основном лабораторном бланке.

2. Что предположительно реконструирует алгоритм.

Выносим в приложение возможные таксономические соответствия на основании референсной библиотеки и имеющихся научных данных. С обязательным указанием ограничений и степени определённости.

3. Что известно о биологических источниках обнаруженных соединений.

Показываем возможные источники, включая альтернативные, а также те зоны, которые пока недостаточно изучены.

И здесь хочу сделать важную оговорку.

Предлагаемое изменение интерфейса не снимает всех противоречий вокруг метода и не отменяет реальных претензий его критиков.

Оно не доказывает таксономическую специфичность, не подтверждает правильность реконструкции микробного сообщества и не заменяет независимую аналитическую и клиническую валидацию.

Но позволяет сделать одну очень важную вещь: разделить непосредственно измеренный факт и расчётную интерпретацию.

И ещё раз вернусь к главному.

Идентификация микроорганизмов по стандартизованным профилям чистых культур и реконструкция микробного сообщества по химическому профилю биологического материала человека- разные, не тождественные аналитические процессы.

Можно бы остановиться на этом. То есть прямо так.

А для любителей зубодробильни ещё предстоит уточнять и изучать:

Сколько существует перекрёстных профилей? Насколько полно представлена кишечная микробиота в библиотеке Sherlock? И применима ли методика для этих задач? Какова реальная точность таксономической реконструкции?

Но есть вопрос, который мне представляется реалтно практичее и интереснее.

Может ли химический профиль иметь самостоятельную клиническую ценность независимо от того, насколько точно установлен его микробный источник?
То есть, рассматриваем то, о чем говорят клиницисты, когда у них «все сходится»

И здесь уже открывается совершенно другое направление исследований.

В частности, существуют исследовательские подходы, в которых учёные изучают совокупные метаболические профили, формируют домены и кластеры, не пытаясь во что бы то ни стало реконструировать конкретные таксоны, а рассматривают полученные данные в контексте экспосома. В контексте «Биохимический профиль ➡️клинический фенотип».

То есть исследуют совокупность биохимических профилей, воздействий на организм и, связанные с ними, биологические изменения( или клинические проявления, последствия) , чтобы искать воспроизводимые связи с клиническими фенотипами, оценивать диагностическую ценность профилей и перспективы их использования при выборе терапевтической стратегии.

Возможно, именно здесь есть пространство для интересных исследований.

Продолжение следует.

МСММ по Осипову. Часть 4
Продолжение

Как бы я изменила интерфейс, не меняя лабораторную часть.
Пофантазируем вместе.

Итак, признаем: одна часть специалистов яростно критикует МСММ по Осипову. И у критиков есть вполне конкретные основания и вопросы, которые нельзя просто игнорировать.

Другие давно, много и регулярно используют этот тест в рутинной практике. У них «всё сходится», они наблюдают клиническую динамику, сопоставляют результаты с состоянием пациентов и отказываться от метода не собираются.

А я…

«А мы не левые и не правые- мы просто валенки» 😅

На самом деле, я много и многим задавала вопросы.

Моя задача сейчас- описать то, что увидела я, признать обоснованность существующих претензий к методу и в то же время не обесценивать клинические наблюдения врачей.

Сразу проговорю: наличие клинического опыта не доказывает таксономическую специфичность метода.

Но и объективные вопросы к таксономической специфичности сами по себе не доказывают, что измеряемые химические профили лишены какой-либо клинической ценности.

Так попробуем посмотреть на ситуацию с другой стороны. Возможно, это позволит хотя бы немного снизить градус научной полемики.

Как бы я изменила представление результатов, не вмешиваясь в лабораторную часть?

Правую часть, показывающую количественные результаты измерения, оставляем без изменений.

А левую нумеруем и вместо названий микроорганизмов указываем непосредственно те группы химических соединений, которые исследуются и определяются методом.

То есть не пишем сразу: «обнаружен такой-то род или вид», а показываем, что именно обнаружено аналитически: жирные кислоты, их производные, гидроксикислоты и другие компоненты исследуемого профиля.

Внизу размещаем приложение:

«Возможные известные биологические источники обнаруженных маркеров».
С описанием соответствующих пронумерованных групп и возможных источников.
И здесь обязательно обозначаем ограничения.

Первое. Неполнота референсной базы.
Значительная часть кишечной микробиоты до сих пор не культивирована и не имеет полноценно охарактеризованных химических профилей.

Соответственно, её представители могут отсутствовать в референсных библиотеках. Это потенциальная слепая зона при таксономической интерпретации.

Второе. Вопросы к применению референсной базы Sherlock.
Система Sherlock сопоставляет исследуемые профили с библиотекой референсных профилей.

Но здесь принципиально важно различать две задачи: идентификацию микроорганизма по стандартизованному профилю чистой культуры, полученному в контролируемых условиях, и реконструкцию микробного сообщества по другой- сложной матрице- биологическому материалу человека, где присутствует совокупный вклад множества источников.

Это разные, не тождественные аналитические процессы.

Третье. Перекрёстные химические профили.

Одни и те же или сходные химические маркеры могут встречаться у разных микроорганизмов, в том числе принадлежащих к разным таксономическим группам, даже разным типам.

Кроме того, вклад в обнаруженный профиль могут вносить представители микробиоты, вообще отсутствующие в референсной библиотеке.

Четвёртое. Что именно мы знаем о самих соединениях?

Определяется ли хиральность обнаруженных метаболитов, имеющих различное биологическое происхождение? Различаются ли структурные и позиционные изомеры жирных кислот? Определяются ли положение и конфигурация двойных связей? Насколько надёжно подтверждается химическая идентичность каждого маркера?

А теперь ещё интереснее:
Химическая идентификация, биологическая, и клиническая интерпретация- не одно и то же.

Пятое. Особенности биологической матрицы.

В образце могут присутствовать соединения микробного происхождения, продукты метаболизма самого организма, пищевые и другие экзогенные компоненты.

Следовательно, необходимо учитывать возможные интерференции и матричные эффекты.

И, наконец, отдельный большой вопрос- количественная точность, воспроизводимость результатов и независимая проверка таксономической реконструкции с помощью других методов: ПЦР, 16S рРНК, метагеномного анализа и других референсных подходов.

Это вопросы к методу,
Но⤵️

https://forms.yandex.ru/u/68373828505690aa81e9b8b7
Состояние здоровья женщин 18-45 лет

Заполнение анкеты занимает 4-10 минут.